Seit langem arbeitet die Zentrale Stelle mit ähnlichen Behörden im Ausland zusammen, die sich ebenfalls mit NS-Verbrechen befassen: so insbesondere mit der Human Rights and Special Prosecutions Section (HRSP) - vormals Office for Special Investigations (OSI) - beim Justizministerium der USA und mit der entsprechenden Dienststelle beim kanadischen Justizministerium sowie mit der Hauptkommission zur Verfolgung der Verbrechen gegen das polnische Volk (im IPN). Darüber hinaus besteht auch heute noch Rechtshilfeverkehr mit den italienischen Justizbehörden sowie mit zahlreichen weiteren Staaten außerhalb der Europäischen Union.
